Pranë Akademisë së Shkencave funksionon Këshilli i Botimeve, ku marrin pjesë akademikë dhe punonjës me përvojë të shkencës.
Në programin e botimeve një vend të shenjuar zënë periodikët: Deri në vitin 2007 Akademia me institutet e saj botonte disa periodikë: Studime filologjike, Studia Albanica, Studime historike, Iliria, Candavia, Studime Biologjike, Studime Gjeografike, Çështje të Folklorit Shqiptar, Kultura Popullore etj. Sot ajo boton dy periodikë në gjuhë të huaj, ku përfshihen artikuj, studime, rezultate konferencash dhe simpoziumesh kombëtare dhe ndërkombëtare për çështje të ndryshme me interes shkencor dhe praktik: Studia Albanica, revistë gjashtëmujore, ku botohen artikuj nga fushat gjuhës, letërsisë, historisë etj., dikur në gjuhën frënge dhe tashmë në gjuhën angleze; AJNTS – Albanian journal of Natural and Tecnichal Sciences, revistë 6-mujore në gjuhën angleze, (numri i parë i së cilës është botuar në vitin 1996), e cila mbulon të gjitha fushat e shkencave natyrore-teknike.