Kërkimet shkencore në Shqipëri nisin më vonë për shkak të vonesës në krijimin e shtetit të pavarur shqiptar që u realizua një shekull më parë (1912). Edhe pas krijimit të shtetit shqiptar u desh kohë që të formoheshin disiplinat shkencore të fushave shoqërore e natyrore të cilat fillojnë veprimtarinë kryesisht pas Luftës së II Botërore. Disa hapa që u hodhën në fillim të shekullit të kaluar në ngritjen e koleksioneve arkeologjike private (në Shkodër, Vlorë) si dhe muzeve të parë publik arkeologjikë në Tiranë (1922) e Vlorë (1936), shpejt u zhbënë para ose gjatë Luftës së II. Arkeologjia shqiptare lindi pas luftës duke kaluar në disa faza deri sa u formua si disiplinë më vete.
Zanafilla e saj në aspektin institucional nis në vjeshtën e vitit 1948 kur krijohet Grupi arkeologjik dhe Muzeu Arkeologjik Etnografik në përbërje të Institutit të Shkencave në Tiranë. Grupi i arkeologëve në vitet më pas do të shtrinte veprimtarinë gjurmuese e kërkimore arkeologjike në gjithë Shqipërinë, duke kaluar gradualisht në forma organizimi më të mëdha siç ishte Sektori i Arkeologjisë në Institutin e Historisë (1964), Qendra e Kërkimeve arkeologjike (1976) e Akademisë së Shkencave e cila u shndërrua në Institutin e Arkeologjisë (1991) dhe nga viti 2008 Instituti i Arkeologjisë bëhet pjesë e Qendrës së Studimeve Albanologjike (ASA). Nga janari 2024 është sërish pjesë e Akademisë së Shkencave të Shqipërisë.
Gjatë kësaj periudhe arkeologjia shqiptare realizoi jo vetëm zbulime të mëdha të kulturës materiale e shpirtërore të qytetërimeve të shkuara (vendbanime, qytete, monumente e objekte) nëpërmjet qindra ekspeditave kërkimore në terren, por forcoi edhe fizionominë e saj si shkencë. Frute të kësaj veprimtarie janë koleksionet arkeologjike prej dhjetëra mijë objekte të fondit të përhershëm, disa herë më shumë objekte të fondit studimor, pesë muzetë arkeologjik (Tiranë, Durrës, Apoloni, Butrint dhe Korçë), pavijoni arkeologjik në Muzeun Historik Kombëtar dhe shumë të tilla në muzetë e rretheve në të gjithë Shqipërinë. Këto arritje janë pasqyruar gjithashtu në qindra artikuj studimor të botuar brenda e jashtë vendit, në revistën periodike Iliria si dhe në shumë botime monografike.
Me kremtimin e 50 vjetorit të saj në vitin 1998, arkeologjia shqiptare hyri në një fazë të re. Ndryshimet e mëdha demokratike dhe përpjekjet e Shqipërisë për tu afruar e integruar me vendet e tjera evropiane në fillim të viteve 90, krijuan kushte të reja për zhvillimin e kërkimit shkencor sipas modeleve perëndimore duke dalë kështu nga mbyllja e gjatë prej rreth pesë dekada.
Kërkimi i deriatëhershëm i mbështetur vetëm në burimet e mjetet e brendshme duke mos shfrytëzuar sa e si duhet përparimet e shkencës dhe teknikës evropiane e botërore, po bëhej gjithnjë e më frenues për zhvillimin e arkeologjisë shqiptare. Organizimi i projekteve të para të bashkëpunimit si formë më rezultative për kërkimet arkeologjike të aplikuara në Apoloni e Sovjan të Korçës me arkeologë nga Franca, në Butrint me arkeologë nga Anglia e Greqia pas viteve 90′ dhe eksperienca e fituar nga këto bashkëpunime, treguan jo vetëm mundësitë e reja për kërkime në të gjitha fushat me mjete e metoda bashkëkohore, por edhe për kualifikimin e specialistëve të rinj të arkeologjisë. Këto zhvillime ndodhën në periudhën kur Shqipëria kalonte vështirësi të mëdha, në kushtet e transformimit politik, ekonomik dhe shoqëror. Megjithatë Instituti i Arkeologjisë u përfshi hap pas hapi në një veprimtari të gjerë kërkimore duke organizuar projekte bashkëpunimi me universitete e institucione simotra të vendeve perëndimore. Projektet shumëvjeçare të gërmimeve bashkuan përvojat e arkeologëve shqiptarë me ato të arkeologëve dhe specialistëve nga vende si Anglia, Franca, SHBA, Italia, Greqia, Austria, Gjermania, Zvicra, Izraeli e Polonia në kërkimet për të gjitha fushat e arkeologjisë si për prehistorinë, antikitetin dhe mesjetën. Në bashkëpunimet brenda vendit Instituti i Arkeologjisë ka organizuar e realizuar me Qendrën Ndërkombëtare për Arkeologjinë Shqiptare projektet për Via Egnatia, Tumën e Kamenicës, Tumat e Apolonisë, Horën e Durrësit etj.
Të gjitha këto veprimtari shtuan ndjeshëm zbulimet e reja duke aplikuar metodologji, teknika e mjete bashkëkohore dhe duke angazhuar një numër gjithnjë e më të madh studentësh të cilët kontribuan më pas në përgatitjen e arkeologëve të rinj. Shumë prej tyre tashmë kanë përfunduar studimet doktorale dhe janë bërë pjesa më aktive në kërkimin dhe administrimin e vlerave arkeologjike. Duke hedhur një vështrim mbi periudhën 15 vjeçare që kemi lënë pas, tërheq vëmendjen numri i konsiderueshëm i projekteve kërkimorë (41) në gjithë Shqipërinë prej të cilëve 12 në fushën e prehistorisë, 17 në fushën e antikitetit dhe 12 në antikitetin e vonë dhe mesjetë, pa përfshirë në to shumë projekte të natyrës studimore. Një pjesë e rezultateve të tyre janë prezantuar në botime e punime të thelluara, ndërsa të tjera vazhdojnë studimet ose përgatitjet për botim.
