Stefan Çapaliku lindi në Shkodër, në vitin 1965. Ai u diplomua për gjuhë dhe letërsi shqipe në Universitetin e Tiranës në 1988 dhe pasoi me studime të mëtejshme në Itali, Republikën Çeke dhe Angli.
Në vitin 1996 mbrojti doktoraturën në Universitetin e Tiranës. Nga viti 1993 deri në vitin 1998 ka qenë shefi i Departamentit të Letërsisë në Universitetin e Shkodrës. Nga viti 1998 deri në 2005 ishte drejtor në Ministrinë e Kulturës për politikat mbi librin dhe bibliotekat. Që nga viti 2005 ai punon si studiues në Akademinë e Studimeve Shqiptare dhe ka qenë profesor i estetikës në Universitetin e Arteve në Tiranë.
Dramat e tij janë interpretuar në disa festivale ndërkombëtare të teatrit, ku atij i janë dhënë çmime kombëtare dhe ndërkombëtare. Stefan Çapaliku është shpallur nga Ministria e Kulturës dhe organizata të tjera si dramaturgu më i mirë për vitet: 1995, 2003, 2007, 2012, 2016. Është edhe regjisor teatri e filmi.Ai prezanton letërsinë e sotme shqipe në “Histoire de la literature europeenne” CNRS Editions, Paris 2021. Disa nga veprat e të tij në poezi, prozë, drama dhe ese janë përkthyer në anglisht, gjermanisht, frëngjisht, italisht, rumanisht, polonisht, bullgarisht, serbisht, maqedonisht dhe turqisht.
Në vitin 2021 Stefan Çapaliku u zgjodh anëtar i Akademisë së Shkencave të Shqipërisë. Më 2024 u emërua drejtor i Qendrës së Studimit të Arteve.